学术委员会、所务会、监督部门

学术委员会是激光所的最高学术领导机构，负责激光所重大学术事务的评议与审核。所务会作为日常决策机构，负责激光所重大事项的审议决策；监督部门则承担内部监督职能，确保科研活动的规范性和合规性。

科研部门

激光所的科研部门设置充分体现出激光制造研究领域学科交叉的特点，共设立4个科研部门和2个PI团队：其中科研部门包括超精密增减材技术研发部、半导体装备研发部、激光医美技术研发部、先进农业技术部；PI团队主要包括先进激光医疗技术团队和超强激光应用团队。极端光场制造科学与工程基础科学中心是根据国家自然科学基金委批准的基础科学中心项目，河南省科学院依托河南省科学院激光制造研究所设立非法人独立科研机构，主要聚焦极端光场制造领域国际前沿研究，中心下设中心运营管理办公室和首席科学家团队。

职能部门

激光所设有完善的管理与支撑部门，包括大型仪器设备管理办公室：统筹管理大型仪器开放共享；科研事业办公室：统筹科研项目管理和学科建设；综合办公室：负责人事、行政、财务等综合管理工作；成果转化办公室：推动科技成果转移转化；研究生管理办公室：负责统筹联培研究生事宜；宣传设计部：负责对内、对外各类展示及宣传物料的设计与制作； 激光所现行组织架构，既确保了机构运行的规范性和高效性，也保证了科学研究的专业性和创新性，能够为激光所开展高水平激光微纳加工与精密制造前沿研究提供有力的组织保障。